Usando o tema Tufte, página de marcadores, e outros truques para Jekyll

Depois de migrar meu blog para o GitHub Pages, usando Jekyll, resolvi alterar o layout da página. Busquei temas para Jekyll, encontrando uma lista grande. Depois de muita indecisão, escolhi o tema Tufte-Jekyll, de Clay Harmon, baseado no CSS criado por Dave Liepmann e Edward Tufte. Tufte, considerado pioneiro e mago da infografia e visualização de dados, ficou conhecido por seu estilo, com tipografia elegante, muitas notas à margem do texto e uso inteligente de gráficos.

Usando um CLI para blogger (instalando Python no Mac OS X El Capitan)

Esta postagem está sendo escrita em Markdown usando Vim e Atom e interpretada para HTML com pandoc, para depois ser postada com blogger-CLI, um interpretador de linha de comando para blogger.com escrito em Python por @Adept- e forked por mim.
Ele é muito simples e capaz basicamente apenas de criar novas postagens no blogger. Desde que se tenha uma conta nele, claro. Para usá-lo, eu tive que instalar algumas
dependências. Estes são os pacotes que bloggercli chama ao inicializar:

$ import json, webbrowser, getopt, os.path, sys
$ import httplib2
$ from oauth2client import client
$ from apiclient.discovery import build
$ from oauth2client.file import Storage

Meu sistema é Mac OS X 10.11.6 El Capitan. A versão de Python que vem embarcada é 2.7.10, instalada no diretório /usr/bin/python. Por definição, o sistema protege as pastas /System /bin /sbin /usr contra edição, mesmo usando usuário root. A Apple chama isso de SIP - System Integrity Protection. Na verdade, é uma característica interessante do ponto de vista de organização. Usando o Homebrew é possível fazer instalações seguras e funcionais que ficarão localizadas na pasta /usr/local/bin, eliminando problemas de compatibilidade. Como eu não poderia instalar as dependências necessárias no Python nativo do OS X, tive que instalar a última versão estável do Python 2.7. Antes de fazer isso, é necessário instalar as ferramentas de desenvolvedor do Xcode (via Apple Store) e o Command Line Tools:

$ xcode-select --install

Depois, é só instalar o Homebrew, se já não estiver no sistema:

$ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew

  /install/master/install)"

E, antes de instalar o Python, colocar a pasta de destino no $PATH:

export PATH=/usr/local/bin:$PATH

Esta linha pode ser acrescentada no ~/.bash_profile para maior comodidade.
Por fim, para instalar a nova versão do Python:

$ brew install python

Checando a versão e o local:

$ which python
/usr/local/bin/

$ python --version
Python 2.7.12

Usar o Homebrew para instalar outra versão de Python permite que a versão nativa conviva harmoniosamente com a nova. É possível até instalar o Python 3.X e usá-lo separadamente, sem interferir com as outras. As instruções de Marina Mele são esclarecedoras. A melhor forma de instalar dependências específicas no Python é usando um ambiente virtual, para assegurar separação e organização das diversas instâncias.
Para instalar virtualenv e virtualenvwrapper:

$ pip install virtualenv
$ pip install virtualenvwrapper

Em seguida, criar uma pasta que vai conter os ambientes virtuais.

$ mkdir ~/.virtualenvs

Abrir ou criar o arquivo ~/.bashrc e colocar:

export WORKON_HOME=~/.virtualenvs
source /usr/local/bin/virtualenvwrapper.sh

Por fim, ativar estas mudanças:

$ source ~/.bashrc

Dessa forma, será possível criar um novo ambiente virtual:

$ mkvirtualenv myenviroment

Na pasta ~/.vitualenvs/myenvironment que será criada pelo script. O ambiente será automaticamente ativo. Trocar de ambiente é simples como:

$ workon myenvironment

E, para desativar os ambientes:

$ deactivate

Deletar e listar os ambientes:

$ rmvirtualenv <nome_do_ambiente>
$ lsvirtualenv

Finalmente, instalar pacotes à vontade será fácil apenas usando o comando pip install. Instalei as dependências do bloggercli dessa forma e pude usá-lo.

$ pip install httplib2
$ pip install oauth2client
$ pip install --upgrade google-api-python-client

Seu uso também é muito simples, consistindo apenas numa ferramenta para publicar novas postagens em formato rascunho (padrão) ou publicação final. Igualmente, pode-se configurar o título e marcadores para a postagem. A publicação é realmente simples com o uso desta ferramenta bem básica. Sua documentação traz uma explicação sumária, porém suficiente para usá-lo. Para minha comodidade, mudei o nome do executável para bloggercli e copiei-o para a pasta /usr/local/bin. Dessa forma, posso usar o comando em qualquer local. Usei-o com um ambiente virtual:

$ workon myenvironment
$ bloggercli -f "newpost.html" -t "Usando um CLI para blogger 

  (instalando Python no Mac OS X El Capitan)" -l "Mac OS X, Blogger, CLI, Python"

Para criar o arquivo em html, escrevi newpost.txt usando Markdown e usei o pandoc para convertê-lo:

$ pandoc -f markdown_strict -t html -o newpost.html newpost.txt

Este é meu primeiro teste.

Welcome to Jekyll! - como instalei Jekyll no Mac OS X El Capitan

You’ll find this post in your _posts directory. Go ahead and edit it and re-build the site to see your changes. You can rebuild the site in many different ways, but the most common way is to run jekyll serve, which launches a web server and auto-regenerates your site when a file is updated.

Figshare received (and deleted) postprints of 'predatory' journals about a 'mystical effect' (updated)

Recently, I've posted about the self-archiving of academic conference posters in Figshare. I've pointed out many advantages of Figshare comparing to similar services that allow the archiving of preprints, conference posters, datasets and other types of academic production. I myself have published posters and postprints in Figshare, and maintain my opinion about this service's versatility and utility. For me, it is still superior in many aspects to other alternative academic publishing venues. However... Well, there seems always to be some catch! Look to what I saw today when I opened Figshare's site:

The blue pointers are showing my recently uploaded postprints. They were published in small, local academic journals, and do not even have a doi number. I have deposited them in Figshare as self-archiving to ensure a wider visibility to them. I retain the author rights of all the papers, so it is strictly legal. But let's see what the red pointers are depicting. They are all papers published in journals of the infamous Omics Group, classified by the librarian Jeffrey Beall as a "predatory publisher". And they are dozens of postprints!!! Even more weird, they are all papers about this "mystical phenomenon" called the "Trivedi effect®". In the words of Mahendra Trivedi, the owner of the trademark, discoverer and "Trivedi Master™":

'The Trivedi Effect^® is a natural phenomenon that exists within our universe. It is a Divine, intelligent energy that is harnessed by Mahendra Trivedi (or a Trivedi Master^™) and has the ability to transform all living organisms and nonliving materials at the atomic level so as to surpass the ordinary and function at their most potent and unlimited potential for greatness.'

Well, uh, this is not the usual academic, scientific report of facts. So, I care not about Omics Group being 'predatory' or if the "Trivedi effect®" works this way or that. In my view, Omics journals are of low quality, regardless of being anything else, and these papers seem to be commercial advertising disguised as "academic". I am not very pleased to see my own publications posted alongside this kind of material. I thought Figshare would have an editorial check to ensure the overall quality of their repository. This is the kind of occurrence that makes serious researchers unease to use some online service.

In my previous evaluation, I was too tough with F1000research, and I am aware that it has indeed problems with content and editorial checking, but I bet this kind of stuff would never be accepted by F1000research, let alone be publicized in its main page! An advice to researchers: choose wisely the online channel for your academic material. Some "neighbors" are quite bothersome.

Update (01/17/2016): to my happiness, all troublesome uploads about the "Trivedi Effect" were most likely withdrawn from figshare. A quick search in its repository for these terms has got no results. Thank you, figshare team!