I've always been curious about the preprints repository of the exact sciences, arXiv. Created by Paul Ginsparg, a physicist at Cornell University who is known worldwide for the genesis of the open repository of physics archives, originally based at Los Alamos National Laboratory (LANL). He released the first version of what would become the arXiv on August 14, 1991.
Preprints are unpublished texts, which have not gone through the peer review and editorial process of scientific journals. They are, usually, drafts, preliminary versions of works that, later, are suitable for publication in conventional magazines. The origin of the preprints is old. Historically, physicists have often exchanged correspondences with each other to discuss details of work in progress, or to ask for help in correcting a manuscript. Among the most famous letters of physicists, as best known, are Newton's (for which he is known as an anglican creationist, anti-catholic, and alchemist fanatic who discovered universal gravitation in his free time) and Einstein's. In the email era, it had become commonplace to distribute preprints in electronic format, sometimes to a lot of people. In order to standardize the format and reduce the size of the files, physicists routinely use Donald Knuth'sTeX format. Even so, soon the inboxes of e-mails were packed with pre-prints.
This problem led Paul Ginsparg to create a LANL centralized email inbox accessible to any computer. Quickly, the service grew, adding features (ftp, gopher, www) and preprints from other areas beyond physics: astronomy, math, computer science, quantitative biology, nonlinear science and more recently statistics. In some areas of physics, practically all published articles go through arXiv. As motivations for scientists to publish preprints, arXiv remain basically the same as centuries ago: solicit reviews and advice, and claim the originality and priority of their work.
Fig1. - arXiv screen in 1994, Mosaic. Back at that time, html forms were a novelty (source: Wikipedia).
The distribution of archived manuscripts in arXiv is open access. In fact, arXiv was created well before the emergence of this term, and its existence motivated the free access movement of academic publications of the so-called "Green Way". In this model, the author electronically archives his work in an institutional or public repository and makes it available at no cost to download. This can be done before peer review (preprints and arXiv case), or after peer review and publication (Pubmed Central case). This modality of open access was the original proposal of Steve Harnard in his blog Subversive Proposal, in 1994, which led to the creation of the first repositories for self-archiving. In Brazil, there are some institutional repositories, such as the UNESP Institutional Repository, LUME - UFRGS digital repository and TEDE - UFC Digital Theses and Dissertations Library. An example: this is the download link for my Master's thesis, stored in TEDE.
Open access publishing, however, has taken on unpredictable proportions, as it has been embraced by several publishers of scholarly publications. This mode is known as the "Golden Way" of open access. Typically, companies such as the Public Library of Science (PLOS) and Biomed Central electronically make available the full content of their publications at no cost to the reader. To cover 'editorial costs', these companies usually charge 'file processing fees' of the order of hundreds to thousands of dollars per manuscript. Usually, these fees are covered by the institutions or bodies promoting the research projects. Criticisms have been made of the weight that these fees may represent to the science budget, in contrast to the traditional model where the reader pays for scientific work. In fact, the institutional cost of the sector has been transferred: from libraries to development agencies, but institutions (universities, research centers, etc.) continue to pay the bulk of the account. Some data seem to indicate that, contrary to what some feel, open access publications are less costly for the system as a whole. See this post on the subject. In Brazil, as well as in most of Latin America, the Open Access model is the most widely used, thanks to the Scientific Eletronic Library Online (SciELO) platform created in 1998 in a partnership between FAPESP and the Latin American and Caribbean Center for Health Sciences (BIREME / PAHO / WHO) and has become the largest open access provider on the planet. Nowadays, thanks to SciELO, almost all of Brazil's scientific production is available in open access.
Fig2. - arXiv current screen, Safari.
A recent and somewhat different experience was recently launched: PeerJ. This company, created by names from other companies in the world of open access, such as Peter Binfield (PLOS ONE), Jason Hoyt (Mendeley) and Tim O'Reilly, a mega-entrepreneur who specializes in financing electronic publicaction initiatives. PeerJ has released two novelties: lifetime (one-time, lifetime publish) publication plans priced well below the open access average and a repository of preprints for health and biology, PeerJ Preprints. It was not the first repository of this nature, but the preprint files in biology and health are usually short-lived. There are many reasons for this, but the main one, in my view, is the absence of a tradition of sharing unpublished information among colleagues, as it exists in physics and mathematics. In fact, most biological and health scientists shy away from publicizing their results before formal publication. Perhaps this is due to the much greater emphasis on empiricism than on mathematical or logical modeling, I'm not sure. Perhaps, it has to do with a basic profile of professionals that ends up being"selected" to work in this area. This is undoubtedly speculative, but common experience indicates that there are social differences between scientists in the field of physics and mathematics and those of biological and health sciences. In any case, the habits of these two informal "societies" differ.
Repositories of preprints for health and life sciences include bioRxiv, operated by Cold Spring Harbor Laboratory since November 2013 and with the participation of none other than Paul Ginsparg on its Advisory Board. Other repositories: Nature Precedings, which has already stopped receiving new preprints but is still on the air and can be consulted, and PeerJ Preprints. Another initiative was Science Commons, a Creative Commons child project intended to stimulate and integrate the use of open access licensing for most of the academic world. Created in 2005, the project was reinstated to Creative Commons in 2009 in the form of its Science portal, which attempts to centralize and stimulate the use of CC licenses by open access content providers. Another initiative with a similar name, but that had nothing to do with the CC was Scientific Commons, an aggregator of open access repositories. Since 2013, its website is no longer active. As anyone can see, repositories and preprint initiatives focused on areas other than those served by arXiv, such as health and biology, do not usually have long vitality. However, the proliferation of providers of open access publications in this area shows that the researchers accepted the Golden Way very well, although they did not do so in the same way when regarding Green Way and self-archiving.
Fig3. - bioRxiv logo.
It had been frustrating me in the last few years. The lack of interest of my colleagues in self-archiving and a system of preprints and the emphasis on publications of the Golden Way with innapropriate commercial tendencies (called 'predatory' by librarian Jeffrey Beall) left the impression that nobody else cared about the research in itself, but merely about empty academic milestones. That's why I had begin to advocate for preprint servers in the area of life sciences and health. They stimulate discussion and creativity and increase the overall quality of the work. In addition, they discourage the proliferation of "predatory" publications and publishers.
So I ventured to post a piece I'd been working on a few years ago and that was "in the drawer," waiting for time to be developed again. I picked up a manuscript that was being fixed and decided to send it to PeerJ Preprints. As soon as I entered its main page, I noticed that its interface is functional, with a clean visual and few elements of easy interaction. It seems, in fact, a simple blog. The registration process is quick and easy. All authors need to register. Nobody pays anything at this stage: the publication of preprints is free. On the main page, a preprint is defined as "a draft of an article, abstract or poster, not yet submitted to the peer review process." In the authors' instructions, the wording is subtly different: "a preprint is a draft not yet submitted to the peer review process, it is not a publication in the press, nor an electronic format of an article accepted for publication." In more detailed instructions, we are informed that PeerJ Preprints accepts work in the biological, medical, health and computing sciences. It does not, however, accept any work with therapeutic implications or clinical trials at any stage. Among the accepted formats are research articles, "posters" (the quotes are from the original), reviews, opinions, case reports, etc. Of course, papers already published or accepted for publication are not allowed. The final publication is available under CC-BY license. Apart from the absence of peer review, the other editorial processes are followed strictly, so all submissions are evaluated to see if they are in line with ethics and publication standards.
Well, after reading the instructions, which are quite complete and deserve a careful look, I proceeded to the submission process. It is important to remember that all authors must be notified of the submission and all of them will receive a confirmatory email requesting that they subscribe to PeerJ Preprints. In the first screen, I chose the area of study and the type of publication.
Fig4. - First screen for submission on PeerJ.
When starting the process, we go to a screen where there are several fields to be filled with the information of the manuscript, divided into several tabs. It goes from one to another when completing the information, until reaching the end before sending. The process can be stopped and restarted at any time. When finished, we are informed that the article awaits editorial evaluation and only after it will be published. After a time that can be as short as 24h but may last for a few days, the result of the check is informed via email: accepted or not. The acceptance rate is high, and basically only manuscripts that do not adhere to the publication standards will be rejected.
Fig5. - Tela para submissão no PeerJ Preprints.
The final result you can see here in my preprint, published on 11/30. My final evaluation is of a very satisfactory, fast, editorial process with help in every step to the end. I recommend using PeerJ Preprints as a repository for self-archiving of unpublished works. The only caution to have is to check if the journals where you intend to later publish accept works already made public in the form of preprints. Aware of this, it is worth putting your work in a repository of preprints and stimulating discussion and sharing of ideas. My manuscript is already in the air! I await your critical reviews!
Update (12/30/15): I published a new version of my first preprint in PeerJ Preprints, a very interesting feature of this platform. I also posted my second preprint.
Sempre tive curiosidade sobre o repositório de preprints das ciências exatas, o arXiv (lê-se 'arquaive'). Criado por Paul Ginsparg, um físico da Universidade de Cornell que é mundialmente conhecido por sua gênese do repositório open access de arquivos de física, originalmente sediado no Los Alamos National Laboratory (LANL). Ele lançou a primeira versão do que viria a ser o arXiv em 14 de agosto de 1991 (coincidentemente, no dia de meu aniversário de 20 anos - sabe o que isso significa? Acertou, NADA!).
Preprints são documentos ainda não publicados, que não passaram pela revisão por pares e processo editorial de periódicos científicos. São, comumente, considerados rascunhos, versões preliminares de trabalhos que, posteriormente, serão avaliados apropriadamente para publicação em revistas convencionais. A origem dos preprints é antiga. Habitualmente, os físicos sempre trocaram correspondências entre si para discutir detalhes de trabalhos em andamento, ou para pedir auxílio para corrigir um manuscrito (eu quero dizer manuscrito mesmo!). Entre mas cartas famosas de físicos, as mais conhecidas talvez sejam as de Newton (por causa das quais nós hoje sabemos que ele era um fanático anglicano criacionista, anti-católico e alquimista que, nas horas vagas, descobriu a Gravitação Universal) e as de Einstein. Na era do email. tornou-se comum distribuir preprints em formato eletrônico, às vezes para muita gente. Com o intuito de padronizar o formato e diminuir o tamanho dos arquivos, os físicos passaram a usar, rotineiramente, arquivos no formato TeX ('tek'), criado por Donald Knuth. Mesmo assim, logo as caixas de entrada de emails estavam lotadas de preprints.
Esse problema levou Paul Ginsparg a criar uma caixa de entrada de email centralizada no LANL, acessível a qualquer computador. Rapidamente, o serviço cresceu, adicionando funcionalidades (ftp, gopher, www) e passou a receber preprints de outras áreas além de física: astronomia, matemática, ciência da computação, biologia quantitativa, ciência não linear e, mais recentemente, estatística. Em algumas áreas da física, praticamente todos os artigos publicados passam, antes, pelo arXiv. As motivações para os cientistas publicarem preprints no arXiv continuam basicamente as mesmas de séculos atrás: solicitar opiniões e revisões de colegas e assegurar a originalidade e prioridade de seus trabalhos.
Fig1. - Tela do arXiv em 1994, navegador Mosaic. Naquela época, formulários em html eram novidade (fonte: Wikipedia).
A distribuição dos manuscritos arquivados no arXiv é de acesso aberto ("open access"). Na verdade, o arXiv foi criado bem antes do surgimento deste termo, e sua existência motivou o movimento de acesso livre de publicações acadêmicas da chamada "Via Verde". Neste modelo, o autor auto-arquiva em formato eletrônico seu trabalho num repositório institucional ou público e o disponibiliza sem custo para download. Isto pode ser feito antes da revisão por pares (caso dos preprints e do arXiv), ou após a revisão por pares e publicação (caso do Pubmed Central). Esta modalidade de acesso aberto foi a proposta original de Steve Harnard no seu blog Subversive Proposal, em 1994, o qual levou à criação dos primeiros repositórios para auto-arquivamento. No Brasil, existem alguns repositórios institucionais, como o Repositório Institucional UNESP, o LUME - repositório digital da UFRGS e o TEDE - Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFC. Um exemplo: este é o link para download da minha dissertação de mestrado, armazenada no TEDE.
A publicação em acesso aberto, todavia, tomou proporções imprevisíveis, ao ser abraçada por diversas editoras de publicações acadêmicas. Essa modalidade é conhecida como a "Via Dourada" do acesso aberto. Normalmente, empresas como a Public Library of Science (PLOS) e Biomed Central disponibilizam eletronicamente o conteúdo completo de suas publicações sem custos para o leitor. Para cobrir os 'custos editoriais', estas empresas costumam cobrar "taxas de processamento de arquivo", da ordem de centenas a milhares de dólares por manuscrito. Usualmente, estas taxas são cobertas pelas instituições ou órgãos de fomento dos projetos de pesquisa. Críticas têm sido feitas ao peso que estas taxas podem representar ao orçamento de C&T, em contraste com o modelo tradicional, onde o leitor paga pelo trabalho científico. Na verdade, transferiu-se o custo institucional de setor: das bibliotecas para as agências de fomento, mas são as instituições (universidades, centros de pesquisa, etc) que continuam a pagar a maior parte da conta. Alguns dados parecem indicar que, ao contrário do que alguns acham, as publicações de acesso aberto são menos onerosas para o sistema como um todo. Veja esta postagem sobre o assunto. No Brasil, bem como na maior parte da América Latina, o modelo de acesso aberto é o mais utilizado, graças à plataforma Scientific Eletronic Library Online (SciELO), criada em 1998 em uma parceria entre FAPESP e Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde (BIREME/OPAS/OMS) e que tornou-se a maior provedora de acesso aberto do planeta. Hoje em dia, graças ao SciELO, quase toda a produção científica do Brasil é disponível em acesso aberto.
Fig2. - Tela atual do arXiv, navegador Safari.
Uma experiência recente e algo diferente foi lançada recentemente: o PeerJ. Esta empresa, criada por nomes egressos de outras empresas do mundo do acesso aberto, como Peter Binfield (PLOS ONE), Jason Hoyt (Mendeley) e Tim O'Reilly, mega-empresário especialista em financiar iniciativas de publicação eletrônica. PeerJ lançou duas novidades: planos vitalícios de publicação (pague uma vez, publique para toda a vida) com preços bem abaixo da média de acesso aberto e um repositório de preprints para a área da saúde e biologia, o PeerJ Preprints. Não foi o primeiro repositório desta natureza, mas os arquivos de preprint em biologia e saúde costumam ter vida curta. Existem muitas razões para isso, mas a principal, a meu ver, é a ausência de uma tradição de troca de informações não publicadas entre colegas, como existe na física e matemática. Na verdade, a maioria dos cientistas das áreas biológicas e saúde evitam divulgar seus resultados antes da publicação formal. Talvez isso se deva à ênfase muito maior no empirismo do que na modelagem matemática ou lógica, eu não tenho certeza. Talvez, tenha a ver com um perfil básico sociodemográfico de profissionais que acaba senso "selecionado" para trabalhar nesta área. Isto, sem dúvida, é extremamente especulativo, mas a experiência comum indica que existem diferenças sociais entre os cientistas da área de física e matemática e aqueles de biológicas e saúde. De toda forma, os hábitos destas duas "sociedades" informais diferem.
Repositórios de preprints para a área de saúde e ciências biológicas incluem o bioRxiv, operado pelo Cold Spring Harbor Laboratory desde novembro de 2013 e com a participação de ninguém menos do que Paul Ginsparg em seu Advisory Board. Outros repositórios: Nature Precedings, que já deixou de receber novos preprints mas ainda está no ar e pode ser consultado, e o PeerJ Preprints. Uma outra iniciativa foi o Science Commons, projeto-filho do Creative Commons que pretendia estimular e integrar o uso de licença de acesso aberto para a maior parte do mundo acadêmico. Criado em 2005, o projeto foi reintegrado ao Creative Commons em 2009, na forma de seu portal Science, que tenta centralizar e estimular o uso de licenças CC pelos provedores de conteúdo de acesso aberto. Uma outra iniciativa com nome parecido, mas que nada tinha a ver com o CC foi a Scientific Commons, um agregador de repositórios de acesso aberto. Desde 2013, sua página na internet não está mais ativa. Como se vê, repositórios e iniciativas de preprint voltadas para áreas que não as servidas pelo arXiv, como saúde e biologia, não costumam ter boa vitalidade por muito tempo. No entanto, a proliferação de provedores de publicações de acesso aberto nesta áreas mostra que os pesquisadores aceitaram muito bem a Via Dourada, apesar de não o terem feito da mesma maneira quanto à Via Verde e auto-arquivamento.
Fig3. - Logo do bioRxiv.
Isso vinha me deixando frustrado nos últimos anos. A falta de interesse de meus colegas na Via Verde e num sistema de preprints e a ênfase em publicações da Via Dourada com tendências comerciais e sem qualidade (chamadas pelo bibliotecário Jeffrey Beall de predatórias) deixava a impressão de que ninguém mais se importava com a pesquisa em si, com a ciência e com o avanço de resultados, mas sim meramente com carreiras acadêmicas vazias. É por isso que defendo os servidores de preprint na área das ciências biológicas e saúde. Eles estimulam a discussão e a criatividade e aumentam a qualidade geral dos trabalhos. Além disso, desestimulam a proliferação das "editoras" e publicações predatórias.
Resolvi, assim, me aventurar a postar um trabalho no qual havia me debruçado alguns anos atrás e que estava "na gaveta", esperando tempo para ser novamente desenvolvido. Peguei um manuscrito que estava sendo corrigido e resolvi enviá-lo para o PeerJ Preprints. Logo ao entrar em sua página, notei que sua interface preza pela funcionalidade, com visual limpo e poucos elementos de fácil interação. Parece, na verdade, um simples blog. O processo de cadastramento é rápido e fácil. Todos os autores precisam se cadastrar. Ninguém paga nada nesta fase: a publicação de preprints é gratuita. Na página principal, um preprint é definido como "um rascunho de um artigo, resumo ou pôster, ainda não submetido ao processo de revisão por pares". Já nas instruções para autores, a redação é sutilmente diferente: "um preprint é um rascunho ainda não submetido ao processo de revisão por pares, não é uma publicação no prelo, nem um formato eletrônico de um artigo aceito para publicação". Nas instruções mais detalhadas, somos informados que o PeerJ Preprints aceita trabalhos em ciências biológicas, médicas, da saúde e da computação. Não aceita, no entanto, quaisquer trabalhos com implicações terapêuticas ou ensaios clínicos, de qualquer fase. Entre os formatos aceitos, estão artigos de pesquisa, "pôsteres" (as aspas são do original), revisões, opiniões, relatos de caso, etc. Logicamente, trabalhos já publicados ou aceitos para publicação não são permitidos. A publicação final é disponível sob licença CC-BY. À parte a ausência de revisão por pares, os demais processos editoriais são seguidos com rigor, então todas as submissões são avaliadas para ver se estão de acordo com a ética e com as normas de publicação.
Bom, depois de ler as instruções, que são bastante completas e merecem uma lida cuidadosa, procedemos ao processo de submissão. É importante relembrar que todos os autores devem ser avisados da submissão e todos eles irão receber um email confirmatório, solicitando que os mesmos se inscrevam no PeerJ Preprints. Na primeira tela, escolhemos a área de estudo e o tipo de publicação.
Fig4. - Primeira tela para submissão no PeerJ.
Ao iniciar o processo, vamos para uma tela onde existem diversos campos a serem preenchidos com as informações do manuscrito, divididos em várias abas. Vai-se passando de uma a outra ao completar as informações, até chegar ao final e enviar. O processo pode ser interrompido e reiniciado a qualquer momento. Ao terminá-lo, somos informados que o artigo aguarda avaliação editorial e somente após será publicado. Depois de um tempo que pode ser tão curto quanto 24h, mas que pode durar alguns dias, o resultado da checagem é informado via email: aceito ou não. A taxa de aceitação é alta, e basicamente apenas os manuscritos que não aderem às normas de publicação serão rejeitados.
Fig5. - Tela para submissão no PeerJ Preprints.
O resultado final: podem ver aqui no meu preprint, publicado em 30/11. Minha avaliação final como cliente é de um processo editorial muito satisfatório, rápido, com ajuda em todos os passos até o final. Eu recomendo a utilização do PeerJ Preprints como repositório para auto-arquivamento de trabalhos ainda não publicados. O único cuidado a se ter é checar se os jornais onde se pretende publicar depois aceitam trabalhos já tornados públicos na forma de preprints. Consciente disso, vale a pena colocar seu trabalho num repositório de preprints e estimular a discussão e a troca de idéias. Meu manuscrito já está no ar! Aguardo suas análises críticas!
Atualização (30/12/15): publiquei uma nova versão do meu primeiro preprint no PeerJ Preprints, uma funcionalidade muito interessante desta plataforma. Também publiquei meu segundo preprint.
